In epoca romana il sentiero preistorico che da Zone, attraverso il Passo della Croce e l’abitato di Sedergnòscendeva a Pisogne, divenne la ViaValeriana, importante arteria di collegamento tra Valle Camonica e Brescia. I lavori di restauro dell’Antica Pieve hanno portato alla luce, nella stratigrafia della chiesa, un sarcofago romano appartenente a un Sacerdote di Augusto, dimostrazione che in loco esisteva un insediamento romano di notevole importanza. Nella frazione di Sonvico, infatti, sono ancora visibili i resti di due torri romane, probabilmente utilizzate per avvistamento; il nome stesso della località,Summus Vicus, fa supporre un’origine romana.
Nel VII – VIII secolo si ha una fortepresenza longobarda nella frazione di Grignaghe, la cui memoria è rimasta impressa sia nelle sculture sparse per il paese che nella toponomastica, e nel culto di San Michele al quale è tuttora dedicata la parrocchiale. Il Monastero di Santa Giulia di Brescia annovera tra i suoi beni, in questo periodo, anche possedimenti in Pisogne, presso la Corte di Vuassaningo, identificata con la frazione di Siniga.
Con la conquista carolingia Pisogne, come del resto la Valle Camonica, venne concessa in feudo al monastero benedettino diTours che avviò sia la gestione fiscale del territorio, che un’opera di promozione religiosa. A questo periodo risale l’attribuzione del patrono San Martino, che era stato appunto vescovo di Tours, alla frazione di Sonvico e del patrono San Gregorio alla frazione di Toline. Verso la fine del primo millennio si ha l’ascesa economica e politica di Pisogne capoluogo e la costituzione della Pieve di Santa Maria in Silvis dipendente dal Vescovo di Brescia che, attraverso la figura del gastaldo, amministrava tutti i beni un tempo appartenuti al monastero di Tours. È del 1250 l’edificazione della Torre del Vescovo nella Piazza del Mercato. Soltanto nel 1462 gli abitanti di Pisogne si affrancheranno dall’autorità vescovile alla quale succederanno, a fasi alterne, l’autorità di Venezia e quella Viscontea. Alla fine Venezia avrà il sopravvento e la Serenissima governerà fino al 1797.

Nella seconda metà del XV secolo prese l’avvio la costruzione della chiesa di Santa Maria della Neve per volere dei cittadini di Pisogne che ne affidarono la conduzione alla Confraternita dei Disciplini. Sempre grazie all’impegno de “li homini de Pisogne”, negli anni 1533-34 il pittore Gerolamo Romanino fu incaricato di affrescare l’interno della chiesa. L’instabilità politica che interessò la zona nel 1500, dovuta alle fortune alterne della Repubblica di Venezia ed al clima di incertezza religiosa, vide il suo momento più drammatico nel 1518 con la condanna al rogo di otto streghe. Nel 1580la visita pastorale di San Carlo Borromeo, volta a canonizzare la Valcamonica in pieno clima di controriforma, passa anche da Pisogne e per volere del cardinale si ha l’istituzione di due conventi: uno di Cappuccini ed uno di Agostiniani, quest’ultimo annesso alla Chiesa di Santa Maria della Neve..E’ nel ‘700, con l’affermarsi di grandi famiglie camune, che il centro di Pisogne assume il suo attuale aspetto urbanistico mediante la costruzione di bei palazzi, fra cui quello dei Fanzago,e dei portici che fanno da contorno alla piazza principale e, nel 1769, con l’avvio della costruzione della nuova parrocchiale dedicata a Santa Maria Assunta che sostituirà la Pieve. Con la decadenza della Repubblica Veneta si accentua purtroppo il fenomeno del banditismoche vedrà in Giorgio Vicario il suo massimo esponente locale, con il compito di amministrare la giustizia in assenza di un’autorità legittima. Alla fine del secolo, dopo almeno settecento anni di centralità commerciale di Pisogne, la sede del mercato viene trasferita, in modo tutt’altro che indolore, a Lovere, così pure la Valcamonica, tra gli anni 1797 e 1859, viene compresa nella provincia di Bergamo. Con l’arrivo di Napoleone prima e del governo austriaco poi,si ha la privatizzazione dei beni un tempo appartenenti alla comunità dei vicini. Ciò da l’impulso ad una nuova imprenditorialità da parte di privati che avviano una politica economica basata sulla produzione delle sole materie prime carbone e ferro. L’autonomia dei comuni concessa da Venezia, in epoca napoleonica viene abolita ed a controllo delle comunità locali viene posto un prefetto. Ciò comporta forti restrizioni sui diritti dei cittadini, specialmente dei non possessori di beni, che si vedono privati del diritto di voto. I primi ad insorgere contro le nuove istituzioni furono gli abitanti di Fraine che organizzarono una vera e propria resistenza armata coinvolgendo tutta la popolazione. Con il governo austriaco prende avvio il progetto di industrializzazione che caratterizzerà l’economia di Pisogne fino ad anni recenti. Lo sviluppo industriale riguarda anzitutto il settore siderurgico, ma anche la produzione di gesso e le filande. L’industrializzazione vide tuttavia gravi momenti di crisi che costrinsero, fra gli altri, anche i cittadini di Pisogne ad emigrare all’estero in cerca di fortuna. Mete privilegiate di questi emigranti, prevalentemente minatori,furono i grandi bacini metalliferi europei, specialmente quelli del Belgio edella Germania. Agli inizi del Novecento venne costruita la ferrovia Iseo – Edolo, inaugurata l’8 luglio 1907, che portò nuovo impulso sia all’industria che al turismo. Negli anni cinquanta si ebbe la chiusura dell’ultima miniera di ferro, ancora attiva, in territorio pisognese e fra gli anni settanta e ottanta la crisi economica portò alla chiusura della maggior parte delle industrie della zona.